Protilátka - bílkovina která v našem těle ničí cizí látky (viry, bakterie)
Imunoglobulin - protilátka
Autoprotilátka - bílkovina která je namířená proti antigenům vlastního organismu. Takže třeba likviduje umírající buňky z vlastního těla. Což je užitečné. Pokud je však v těle nějaká chyba jako u pacientů s RSkou, tak autoprotilátka likviduje i užitečné buňky.
Antigen - substance která vyprovokuje tvoření protilátek. Antigeny vlastního těla jsou tolerované, zatímco cizí antigeny jsou imunitním systémem identifikované jako útočníci a imunitní systém s nimi bojuje.
Cytokiny - informační molekuly produkované imunitním systémem. Volně se pohybují v krvi. Cytokin produkují buňky které chtějí informovat jiné buňky - například o hrozícím nebezpečí a stimulovat je k nějaké reakci.
Receptory - Nachází se na povrchu buněk. Receptory přijímají chemické signály z venčí buňky tak, že molekula zvaná ligand se na receptor naváže. Jakmile se ligand na receptor naváže tak to spustí biochemickou reakci spojenou s daným receptorem.
Cytokinové receptrory - receptory kde ligandem jsou cytokiny.
antagonisté - látky které se váží na receptory, ale nespustí jejich funkci a zároveň je zablokují
šíření epitopu - v některých slovnících se tento pojem zjednodušuje na autoimunitu.
epitop = antigenní determinant - je to část antigenu, která je rozpoznaná imunitním systémem - konkrétně protilátkami, B a T buňkami. Část protilátky, která rozpoznává epitop se naývá paratop
Pro bližší pochopení připomínám, že antigen je tělu cizí bílkovina (například z viru nebo baktérie), nebo bílkovina o které si tělo myslí, že je cizí. Tuto bílkovinu v tělu prezentují ostatním buňkám dendritické buňky. A imunitní buňky pak proti ní tvoří protilátky.
Takže tato cizorodá nebo vlastní látka která má na sobě epitop je imunitním systémem rozpoznaná a imunitní systém proti ní bojuje. Proto šíření epitopu z pohledu roztroušené sklerózy není dobré.
DNA - Deoxyribonukleová kyselina - nese genetickou informaci. Určuje z čeho a jak mají být poskladány buňky v těle člověka
RNA - Ribonukleová kyselina - existuje několik druhů
například mRNA - je to takový recept na konkrétní bílkovinu přepsaný z DNA
miR-132/212
jsou to krátké ne-kódující RNA molekuly. (nekódující znamená, že neslouží jako předpis pro výrobu bílkovin)
MicroRNA funguje tak, že reguluje úrovně exprese jiných genů několika mechanismy, běžně redukcí úrovní bílkovin štěpením mRNA nebo potlačením jejich translace.
Nukleotidy jsou organické molekuly které formují základní stavební bloky nukleových kyselin tak jako je DNA nebo RNA. Nukleotid se skládá z nucleobase, pentose (ribose nebo deoxyribose) a z nejméně jedné fosfátové skupiny.
Nucleotidy slouží k přenášení balíčků energie uvnitř buňky.
Transkripce - přepis genetické informace z DNA na řetězec RNA
Translace - výbroba bílkoviny dle záznamu v mRNA
Folding - vytvarování, zakroucení vyrobené bílkoviny do požadovaných tvarů
geny - určité části DNA
exprese, exprimace - kompletní proces, kterým je v genu uložená informace převedena v reálně existující buněčnou strukturu nebo funkci. Tento proces zahrnuje například transkripci, translaci a folding
Transkripční faktor je bílkovina která reguluje nebo spouští transkripci DNA. Váže se na specifické DNA sekvence a tak řídí transkripci genetické informace z DNA na mRNA.
Kmenové buňky - buňky které se mohou přeměnit na jiné buňky v těle. Například na mozkové - a opravit tak poškozená nervová vlákna v mozku pacientů s RSkou. Nebo například na krevní buňky a nahradit tak agresivní imunitní buňky u RS pacientů způsobující autoimunitu. Kmenové buňky se nachází například v:
- v embryu - tj. v zárodku plodu - využití může být neetické - musel by se zničit nový život. Otázka je ovšem, kdy začíná nový život.
- v pupečníkové šňůře (ta je dostupná jen při porodu nového dítěte, některé firmy mohou zařídit její uchování - nechat zmrazit a využít v budoucnu až bude léčba možná)
- v kostní dřeni
- v menším množství i v tukové tkáni a v kůži
Interferon regulační faktory jsou bílkoviny regulující transkripci interferonů.
Interferony jsou bílkoviny vyráběné v buňkách v reakci na přítomnost patogenů, tak jako jsou viry, baktérie nebo parazité či nádorové buňky. Interferony tak umožňují komunikaci mezi buňky v lidském těle k tomu aby se spustila obrana imunitního systému.
Neuron - nervová buňka
Axon - axon je v podstatě nervové vlákno, které přenáší povely například do končetin.
je to dlouhý výběžek na neuronu. Je obalen myelinovou pochvou s Ranvierovými zářezy, mezi kterými probíhá přenos nervového vzruchu skokem. Myelinová pochva je tvořena Schwannovými buňkami, které svou membránou omotají axon. Tato vrstva je elektroizolační.
Myelin - je to bílkovina která izoluje axon tak jako izolant na vodiči. Bez tohoto izolantu se nemohou přenášet povely po nervových vláknech například končetinám. RS pacienti mají tento izolant poničený.
gliální progenitorové buňky - z těchto buněk se vyvinou gliální buňky.
gliální buňky:
oligodendrocyty - buňky které v mozku produkují myelin
astrocyty - vyživují neurony, udržují hematoencefalickou bariéru, nepřímo podporují oligodendrocyty ve tvorbě myelinu, dělají opravy v nervovém systému.
leukemia inhibitory factor (LIF) - cytokin který produkují astrocyty a který stimuluje oligodendrocyty aby produkovaly myelin.
hematoencefalická bariéra - odděluje krevní oběh od prostoru kde se nachází CNS (mozek, mícha), zajišťuje aby se z krve do CNS mohly dostat živiny, kyslík a některé imunitní buňky. U RSky však tyto imunitní buňky způsobují v CNS záněty. Tato bariéra zabraňuje aby se do CNS mohly dostat pro CNS škodlivé látky.
Gliosis (gliósa, není překlad v české wikipedii) je nespecifická reaktivní změna gliálních buněk v reakci na poškození centrálního nervového systému.
dělí se na:
-Astrogliosis pro reaktivní změnu astrocytů
-Mikrogliósis pro reaktivní změnu mikroglií
Bílá krvinka - leukocyt je krevní buňka mnohých živočichů, která se obvykle podílí na fungování imunitního systému. Bílé krvinky zpravidla mají schopnost bojovat proti virům, bakteriím a jiným patogenům či částicím, ale i nádorovým buňkám a vůbec všem organismu cizím materiálům.
Dendritická buňka je speciální, nedavno objevený, druh bílých krvinek, který ostatním buňkám v krvi ukazuje antigen napříkad nějaké infekce. Tj ukazuje kdo je ten vetřelec proti kterému mají imunitní buňky bojovat. Za jejich objev dostal pan Steinman v roce 2011 Nobelovu cenu.
Neplést s Dendrity. Dendrity - jsou krátké výběžky neuronu dostředivého typu, které přijímají vstupní informaci (nervový vzruch).
T buňka = druh bílých kvinek ze skupiny lymfocytů.
T pomocná buňka - je to podskupina lymfocytů což je typ bílých krvinek, která hraje zásadní roli v imunitním systému. Tyto buňky pomáhají k aktivitě jiných imunitních buněk vypouštěním (do krve) T-buněčných cytokinů.
Th17 je podmnožina T-pomocných buněk produkujících interleukin 17 objevená v roce 2007
-Vyšší úrovně zhoršují záněty což není dobré v autoimunitních nemocech. Nedostatek naopak znamená vyšší náchylnost k infekcím.
IL17 interleukin-17 je informační látka pohybující se v krvi, která řídí prozánětlivé procesy a spouští výrobu několika dalších druhů informačních molekul majích v těle člověka mnoho funkcí
IL12-Interleukin 12 informační látka produkovaná dendrickými buňkami v reakci např. na nějakou infekci. Stimuluje růst a funkce T-buněk. Stimuluje produkci interferonu gama a TNF-a z T a NK buněk.
IL12p40 - Interleukin-12 podjednotka p40 - může sloužit jako biomarker CIS a RRRS
Interleukin-10 (IL-10) - je to protizánětlivý cytokin
Atrofie mozku - úbytek objemu mozku v čase. RS pacienti tento úbytek mají větší.
Zánět - je reakce těla proti infekci nebo cizím látkám. U RS pacientů dochází v mozku k zánětům. Příčina je neznámá. A proto se RSce říká autoimunní omenocnění. Imunitní buňky prý bojují proti vlastním buňkám. Někteří však říkají, že to autoimunitní onemocnění není. Že se v mozku možná nacházejí látky které tam nemají co dělat a na ně pak imunitní buňky útočí což způsobuje zánět. Může jít o únik mozkomíšního moku na místa kde nemá být, nebo nějaký vir, bílkovina a pod.
retrovirus - je to virus který do našeho těla nepřišel z venku, ale je to virus který byl zakódovaný v našem DNA už od narození. Něco někdy v našem životě pak způsobí že se podle tohoto "receptu v DNA na vir" tento virus v těle vytvoří.
aminokyselina - je to molekula obsahující karboxylovou (-COOH) a aminovou (-NH2) funkční skupinu. Existuje 22 aminokyselin, které jsou základní stavební složky všech bílkovin.
Protein - Bílkovina - oba dva pojmy jsou to samé. Zatím jsem v článcích překládal vždy na české slovo bílkovina, ale slovo protein se v češtině již používá také a je možné, že to do budoucna nebudu překládat. Jsou to složité molekuly složené z velkého množství atomů resp. složené z nejméně 50-100 aminokyselin. A jsou podstatou všeho živého.
Peptid - je složen jen z několika aminokyselin.
Enzym - je jednoduchá či složená bílkovina s katalytickou aktivitou. Enzymy určují povahu i rychlost chemických reakcí a řídí většinu biochemických procesů v těle všech živých organismů včetně člověka.
FAAH - Fatty acid amide hydrolase http://en.wikipedia.org/wiki/Fatty_acid_amide_hydrolase
je to enzym který štěpí (ničí) Anandamid
Anandamid je endogenní cannabinoidní ligand - Je to endogenní cannabinoid, neboť se v mozku váže na receptory, na které se váže také psychotomimeticky aktivní (−)-trans-Δ9-tetrahydrocannabinol, rostlinný cannabinoid z Cannabis sativa (hašiš, marihuana). Tato nedávno objevená informační molekula hraje roli v bolesti, depresi, chuti k jídlu, paměti a plodnosti. Anandamid se vyskytuje v malých množstvích v kakaových bobech a v čokoládě.
Lidské tělo si ho dokáže samo vyrobit - proto endogenní.
Glyfosát (N-(fosfonomethyl)glycin) je derivát glycinu fungující jako širokospektrý herbicid, tedy látka užívaná k potírání plevele. Je účinnou látkou Roundupu a dalších herbicidních přípravků.
http://cs.wikipedia.org/wiki/Glyfos%C3%A1t
Sirtuin1 - SIRT1 je to bílkovina zakódovaná v genu SIRT1 - blokování exprese této bílkoviny oddaluje propuknutí RSky u myši. Blokování je potenciální léčebný cíl.
viewtopic.php?f=21&t=461
viewtopic.php?f=10&t=383&hilit=sirt1
Peli1 - bílkovina která zřejmě způsobuje vzplanutí zánětu. Její blokování je možný potenciální léčebný cíl. viewtopic.php?f=21&t=448
Ras - tak se jmenuje bílkovina nacházející se uvnitř buněk - je zapojená do přenosu signálů uvnitř buněk
- jmenují se takto i geny kódující tuto bílkovinu. Mutace tohoto genu může způsobit vznik rakoviny.
Oxidační stres je nerovnováha mezi tvorbou reaktivního kyslíku (jinak též volných radikálů), který vzniká jako vedlejší produkt okysličování a látkové výměny, a schopností organismu rychle odbourávat a detoxikovat reaktivní meziprodukty.
Metylprednisolon je syntetický kortikosteroid ze skupiny glukokortikoidů, který se v medicíně používá pro své imunosupresivní a protizánětlivé účinky.
Peroxidace lipidů (LP) (zkráceně peroxidace) je oxidační degradace lipidů. Jedná se o proces, kdy volné radikály „kradou“ elektrony lipidům v buněčných membránách, což vede k poškození buněk.
malondialdehyde (MDA) - je to vysoce reaktivní sloučenina. Je to reaktivní aldehyd. Produkce tohoto aldehydu je použita jako biomarker k měření úrovně oxidačního stresu v organismu.
Aminoguanidine (AG) - Pimagedine - jedná se dříve zkoumaný lék na diabetickou nefropatii. Je to diamine oxidase a nitric oxide synthase inhibitor. Redukuje úrovně AGE (advanced glycation end products) skrz interakci s 3-deoxyglucosone.
N-Acetyl cysteine (NAC) - uklízeč volných radikálů
Proteomika:
V těle se dle odhadů nachází přes 100 tisíc bílkovin, ty se ještě navíc mohou nacházet v různých formách, mít různé tvary, být různě navázané atd. Takže zkoumat to jednotlivě je složité.
Proteomika říká, že se můžeme dívat na bílkoviny v odebraném vzorku jako na celek.
existují tři labolatorní metody:
Elektroforéza (speciálně SDS-PAGE a 2D gely)
Hmotnostní spektrometrie a její formy (MALDI, ESI)
Hybridizační metody využívající vazbu na protilátky (proteinové microarray čipy, imunoafinitní chromatografie)
Elektroforéza - vzorek například krevního séra nebo mozkomíšního moku je vystaven elektromagnetickému poli v kapalině nebo gelu. A každá bílkovina ze vzorku za určitý čas urazí určitou vzdálenost dle náboje, tvaru a pod. za působení elektroferitického a elektroosmotického principu. Každá bílkovina ze vzorku urazí určitou vzdálenost a vznikne tak určitý obrazec, takový podpis bílkovin ze vzorku.
Tyto obrazce se pak porovnávají heuristickou analýzou a hledají se souvislosti a zákonitosti. Například krevní vzorky zdravých, nemocných léčených i neléčených pacientů.
LIGHT - TNFS14 - tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 14
Bílkovina kódovaná tímto genem je člen z rodiny ligandů tumor necrosis factor (TNF).
Tato bílkovina je ligand pro TNFRSF14 který je členem rodiny receptorů tumor necrosis factor a která je také známá jako vstupní mediátor herpes viru. Bylo ukázáno, že tato bílkovina stimuluje proliferaci T-buněk a spouští apoptózu (sebevraždu) různých nádorových buněk......
http://www.msgene.org/polydetail.asp?ge ... ataID=4345
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=Re ... _uids=8740
CIS - klinicky izolovaný syndrom
OND - jiné neurologické poruchy
RRRS - relaps remitující roztroušená skleróza
oligoklonální proužky :
Když dáme vzorek krve nebo mozkomíšního moku do eletrického pole, tak se bílkoviny ze vzoru začnou pohybovat různou rychlostí, podle velikosti, tvaru, el. vlastností atd. Každá bílkovina urazí za určitý čas určitou vzdálenost. Na místě kam každá bílkovina dorazí se nakreslí proužek.
U roztroušené sklerózy tímto potřebujeme zjistit pouze obsah imunoglobulinů v mozku a míše. Imunoglobulin je bílkovina.
Imunoglobulin = protilátka. Pokud se v mozku nebo míše nachází protilátka tak to znamená, že tam tělo s něčím bojuje. A právě to se děje u roztroušené sklerózy. Sice se neví proti čemu tam chce tělo bojovat, nebo jestli je imunitní systém pomatený. Ale jisté je, že to poškozuje nervové buňky.
Pro přesnost se od proužků v mozkomíšním moku odečtou proužky pořízené z krevního séra. Pokud je totiž protilátka v celém těle, tak to není pro tělo povel aby bojovalo jen v mozku a míše a špatné to nemusí být.
Nález oligoklonálních proužků po odečtení už ale znamená, že to špatný je.
Herpesvirus reaktivní oligoklonální proužky:
Protilátky se většinou tvoří v reakci na nějaký vir nebo patogen. Takže na herpesirus je to určitý druh protilátek(imunoglobulinů) a tedy i určité proužky v určité vzdálenosti. A to jsou právě Herpesvirus reaktivní oligoklonální proužky.
MAO jsou enzymy katalizující oxidaci monoaminů. Nachází se navázané na vnější membránu mitochondrií ve většině buněčných typů v těle. Klinický význam spočívá v tom že MAO deaktivují neurotransmitery a tak nesprávná aktivita může způsobit hlavně psychické nemoci.
Monoamine oxidase inhibitory - chemikálie, které potlačují aktivitu MAO. používají se jako antidepresiva. V přírodě se vyskytují v rostlinách Banisteriopsis caapi (Ayahuasca) a Peganum harmala.
Immunostaining - je všeobecný termín v biochemii pro použití jakékoliv na protilátkách založné metodě k detekci konkrétní bílkoviny ve vzorku.
GABA je chemicky amino-kyselina a zároveň důležitý neurotransmiter regulující neurální excitační schopnosti v celém nervovém systému. GABA je také zodpovědná za regulaci svalového napětí.
Trogocytóza je proces při kterém lymfocyty (B,T a NK buňky) se spojí s molekulami z povrchu antigen-prezentujících buněk a exprimují je na svém vlastním povrchu.
CD25 je alfa řetězec IL-2 receptoru.Je to transmembránová bílkovina přítomná na aktivovaných T-buňkách, B-buňkách a jinde.
interleukin-2 receptor je heterotrimetrická bílkovina exprimovaná na povrchu určitých imunitních buněk, tak jako jsou lymfocyty, která váže a reaguje na cytokin zvaný IL-2
Fc receptor - je bílkovina která se nachází na povrchu určitých buněk a která přispívá k ochranné funkci imunitního systému. Fc receptor se váže na protilátky, které jsou napojeny na infekční buňky nebo na chorobné patogeny. Jejich aktivita stimuluje fagocytické nebo cytotoxické buňky k tomu aby zničily mikroby nebo infikované buňky.
Fagocyt je název pro nějakou buňku(fagocyty mohou být různé imunitní buňky) která pohlcuje škodlivé částice jako jsou bakterie nebo mrtvé či umírající buňky. Tento proces se jmenuje fagocytóza
TMEV-IDD - Theiler′s Mouse Encephalomyelitis Virus - induced demyelinating disease - jeden z modelů roztroušené sklerózy na myši.
CCL2 - Chemokine (C-C motif) ligand 2 - monocyte chemotactic protein-1 (MCP-1) - small inducible cytokine A2
- svolává monocyty, paměťové buňky a dendritické buňky do míst zánětů. CCL2 je zakotvený na plazmové membráně buněk endothelia. CCL2 je primárně vylučován monocty, makrofágy a dendritickými buňkami. Aby se CCL2 stal aktivovanou bílkovinou, tak musí být odštěpený pomocí metalloproteinase MMP-12.
CCR2 a CCR4 jsou dva buněčné povrchové receptory které váží CCL2
CCL5 - Chemokine (C-C motif) ligand 5 - RANTES - bílkovina která rekrutuje leukocyty do místa zánětu. Za pomocí konrétních cytokinů (IL-2 a IFN-γ), které jsou uvolňovány T-buňkami navozuje CCL5 také proliferaci a aktivaci určitých NK-buněk(přirozené zabijácké buňky) aby zformovaly CHAK (Chemokinem aktivované zabijácké buňky)
VCAM-1 - Vascular cell adhesion protein 1 - vascular cell adhesion molecule 1 (VCAM-1) - cluster of differentiation 106 (CD106)
- bílkovina která zprostředkovává přilnavost lymfocytů, monocytů, eosinophilů a basophilů na cévní endothelium. Slouží také pro přenos signálů mezi leukocyty a buňkamami endotelu.
Gen VCAM-1 obsahuje sedm domén imunoglobulínů a je exprimován na velkých i malých cévách pouze když jsou buňky endotelu stimulovány cytokiny.
Rakovinové buňky využívají VCAM-1 k tomu aby se přichytili k endotelu. U arterosklerózy se VCAM-1 může podílet na svolávání monocytů do arterosklerózních míst.
Endotel - je jednovrstevný epitel (vrstva buněk) vystýlající vnitřní povrch krevních i lymfatických cév a srdce.
major histocompatibility complex MHC class I. - Hlavní histokompatibilní komplex MHC třídy 1. - se nacházejí na většině buněk organismu. Jejich funkcí je prezentovat antigenní peptidy z patogenů (nejčastěji virů) CD8+ cytotoxickým T – lymfocytům.
Receptor na povrchu T–buněk (TCR) je specifický pro unikátní kombinaci peptidu a MHC molekuly. Jinými slovy T – buňky rozeznají jak peptid navázaný na MHC, tak MHC molekulu. Tento jev se nazývá MHC – restrikce.
Granzyme B - je enzym přítomný v cytoxických T-lymfocytech. Když je vyměšovaný do mezibuněčného prostoru, tak eliminuje pozměněné a virem napadené buňky.
Cytoxické T-buňky (= CTL, = CD8+ T-buňky, = zabijácké T-buňky) jsou to T-lymfocyty což je druh bílých krvinek - zabíjejí rakovinotvorné buňky, buňky které jsou infikované(především viry) nebo buňky, které jsou poškozené jinými způsoby. Většina cytoxických T-buněk exprimuje T-buněčné recptory TCR které mohou rozpoznávat konkrétní antigeny. Antigen je molekula schopná stimulace imunitní odezvy a je často produkována rakovinovými buňkami nebo viry. Antigeny uvnitř buněk jsou navázány na MHC třídy 1, které je odnesou na povrch buněk, kde mohou být rozpoznané T-buňkami. Jestli-že TCR je specifický pro takový antigen, tak se naváže na molekulu komplex MHC třídy 1 a na antigen a T-buňka tuto buňku zničí.
Aby se TCR mohl navázat na molekulu MHC třídy 1, tak TCR musí být doprovázen glykoproteinem zvaným CD8, který se váže na konstatní část molekuly MHC třídy 1. A proto jsou tyto T-buňky nazvané CD8+ T-buňky. Rozpoznávají buňky infikované intracelulárními parazity (např. viry) a prostřednictvím sekretovaných látek tyto buňky likvidují. Tento způsob boje proti infekci je vysoce účinný, nicméně značně riskantní, neboť může vést k většímu poškození, než samotný původce nákazy.
activin-A je látka kterou mohou uvolňovat makrofágy a který možná aktivuje větší produkci myelinu. viewtopic.php?f=21&t=583
dipyridamole (obchodní značka Persantine) je léčivo které zabraňuje trombózám (srážení krve) - na studii na myši snížil závažnost myší RSky. viewtopic.php?f=21&t=589
phosphodiesterase - enyzym který láme fosfodiesterovou vazbu.
fosfodiester - skupina silných kovalentních vazeb mezi fosfátovou skupinou a dvěma pěti-uhlíkovými prstenci karbohydrátů přes dvě esterové vazby.
Fetuin-A - Možný biomarker nemoci http://www.ereska.net/viewtopic.php?f=21&t=601
CRD - Complementarity determining regions - doplňkovost určující oblasti - jsou oblasti v protilátkách (v imunoglobulinech) nebo v T-buněčných receptorech kde tyto bílkoviny doplňují nějaký tvar antigenu. Příklad CDR v konkrétní bílkovině:
Průtoková cytometrie - Buněčná separace
http://cs.wikipedia.org/wiki/Pr%C5%AFto ... cytometrie
Choroidní plexus je hustě prokrvená část mozku, jejíž hlavní funkcí je výroba mozkomíšního moku
Fc receptory - nachází se na povrchu buněk imunitního systému. Váží na sebe protilátky s chyceným patogenem. Po navázání dojede k fagocytóze (pohlcení a zničení) patogenu s protilátkou.
FC gamma receptory je skupina FC receptorů, která váže nejběžnější třídu protilátek - Imunoglobulin G
NAWM - bílá hmota mozková
Myelocyt je buňka v kostní dřeni, která vzniká z promyelocytu, dále se nedělí a vyvíjí se z ní metamyelocyt a posléze granulocyt (patří tedy k tzv. bílé krevní řadě). Jde o mladou buňku velkou asi 20 mikrometrů v průměru s oválným jádrem s hrubší strukturu chromatinu. Cytoplazma myelocytu je slabě eosinofilní a obsahuje specifická granula.
G protein - slouží k vnitrobuněčné signalizaci (za objev v roce 1994 padla nobelova cena)
Receptor (zde GPCR- receptor spřažený s G proteinem ) na povrchu buněk zachytí nějakou informaci v podobě ligandu. V reakci na to se G-protein uvnitř buňky rozdělí na podjednotky α,β,γ, které sestaví uvnitř buňky komunikační kanál mezi receptorem a tím kam se signál má dopravit například k nějakému enzymu uvnitř buňky.
Exocytóza - proces, kterým buňky uvolňují větší molekuly či struktury do svého okolí.
Weibel-Palade Body - skladovací granule z buněk endotelu, tyto buňky formují vnitřní vrstvu cév a srdce. Skladují a uvolňují dvě hlavní molekuly: Willebrand factor a P-selectin, a tak hrají dvojí roli v zástavě krvácení a v zánětech.
Kináza (kinasa) je enzym, který přenáší fosfátovou skupinu z vysokoenergetické donorové molekuly (např. ATP) na určitou cílovou molekulu (substrát). Tento proces se nazývá fosforylace.
SiRNA Video to vysvětlí nejlépe: http://www.youtube.com/watch?v=FiGkE3RnjWY Na videu je vidět jak se injekčně vpraví dsRNA, která je poté bílkovinou jménem Dicer přestřižena na duplexní siRNA. Dále se připojují bílkoviny TRBP a Ago2, které duplexní siRNA rozpletou. Bílkoviny pak navádí siRNA na konkrétní úsek mRNA. siRNA spolu s těmi bílkovinami tvoří RISC (z angl. RNA-induced silencing complex = komplex způsobující umlčení RNA) - bílkoviny se jmenují: dicer, TRBP a Ago. RISC pak způsobuje rozštěpení cílové mRNA. A dochází tak k posttranskripčnímu umlčení (silencingu) daného genu, tzn. gen se sice přepisuje, ale jeho mRNA je následně štěpena, takže kýžený bílkovinný produkt není vytvářen. (zde GRK2)
mRNA vzniká během transkripce DNA a organismus jí používá a slouží jako recept pro určitou bílkovinu. V tomto případě asi GRK2.
CD147 - běžně exprimovaná membránová bílkovina plazmy zapletená do různých fyziologických a patologických aktivit. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2883100/
contactin-1 - je bílkovina vyžadována k obalení nervů myelinem http://www.ereska.net/viewtopic.php?f=10&t=840
G protein Receptor ( GPCR- receptor spřažený s G proteinem ) na povrchu buněk zachytí nějakou informaci v podobě ligandu. V reakci na to se G-protein uvnitř buňky rozdělí na podjednotky α,β,γ, které sestaví uvnitř buňky komunikační kanál mezi receptorem a tím kam se signál má dopravit například k nějakému enzymu uvnitř buňky.
Metabolomika: je vědecké zkoumání chemických procesů zahrnujících metabolity.
Konkrétně metabolomika je systématické zkoumání jedinečných chemických otisků které se skrývají za specifickými buněčnými procesy studiem jejich molekulárně malých metabolických profilů.
Metabolom představuje kolekci všech metabolitů v biologických buňkách, tkáni, orgánech a organismu, které jsou výslednými konečnými produkty buněčných procesů.
Zatímco analýzy dat mRNA genové exprese a proteomické analýzy neřeknou celý příběh toho co se může dít v buňkách, tak metabolické profilování může dát okamžitý snímek fyziologie těchto buněk.
http://en.wikipedia.org/wiki/Metabolomics
LPS - liposacharidy
Interleukin-10 (IL-10) - je to protizánětlivý cytokin
EBV - Virus Epstein-Barrové
anti-EBV protilátka - protilátka proti EB viru - je vytvářena tělem v reakci na antigen
EBNA-1 - EB virový jaderný antigen 1 - je to virová bílkovina přiřazená k EB viru
HERV - human endogenous retroviruses - lidský endogenní retrovirus. Je to virus, který je zakódován v naší DNA už od narození a nějaká událost způsobí to, že se z tohoto kódu vyrobí skutečný vir (lidský endogenní retrovirus). Tímto virem se tedy nenakazíme někde venku, ale neseme si jeho kód v sobě již od narození.
HAART - highly active antiretroviral therapy - vysoce aktivní anti-retrovirální léčba
Kapsida - Kapsida (též kapsid, nebo také proteinový plášť) je bílkovinné pouzdro virové částice, které obklopuje virovou nukleovou kyselinu (DNA nebo RNA), případně i některé virové proteiny. Kapsida má pro virus ochrannou funkci a zpravidla zaniká, jakmile virus dosáhne hostitelské buňky a počne se v ní replikovat. Proteiny kapsidy představují řadu antigenů, proti kterým organismus může vytvářet protilátky. http://cs.wikipedia.org/wiki/Kapsida
HLA-DR jsou to receptory MHC třídy 2 (MHC - viz náš video slovníček)
HLA - lidský leukocytový antigen - jsou to místa v genech, která enkódují MHC
germline (germ řada) - germline dospívajících nebo vyvíjejících se jedinců je řada (sekvence) germ buněk, které mají genetický materiál, který může být předán na potomka.
Namříklad gamety, tak jako sperma nebo vajíčka jsou části germline
Buňky které nejsou v germline (germ řadě) tak se nazývají sómatické buňky. Mutace nebo jiné genetické změny v germline mohou být potenciálně předané potomkům, zatímco změny v somatických buňkách ne.
Germline buňky jsou nesmrtelné. Ve smyslu že jsou trvale reprodukovány od počátku života. To je především díky aktivitě enzymu zvaného jako telomeráza. Naopak somatické buňky se mohou dělit přibližně 30-50 krát. Určité somatické buňky, známé jako kmenové buňky, také exprimují telomerázu a jsou možná nesmrtelné. http://en.wikipedia.org/wiki/Germline
Exome - Exom je část genomu tvořená exony, neboli sekvencemi které vytvářejí mRNA po vystřižení intronů. Od transkriptomů se líší tím, že obsahují všechnu DNA, která je přepsána do mRNA v buňkách jakéhokoliv typu. Exom lidského genomu je tvořen asi 180 000 exony, což je asi 1% celkového genomu [1]. I když exom tvoří velice malou část celkového genomu, mutace v něm jsou dle současných odhadů zodpovědné až za 85 % nemocí podmíněných mutacemi http://cs.wikipedia.org/wiki/Exom
Exon je část sekvence nukleové kyseliny (DNA či RNA), podle níž se obvykle tvoří v procesu translace bílkovina. Spolu s introny tvoří gen. V procesu splicingu se totiž introny z pre-mRNA vystříhají, čímž vzniká mRNA, podle níž je nakonec tvořen protein. http://cs.wikipedia.org/wiki/Exom
Intron je oblast pre-mRNA, která se nepřekládá do proteinu, ale vystřihuje se během tvorby mRNA mechanismem zvaným splicing. Spolu s exony tvoří základ genu. http://cs.wikipedia.org/wiki/Intron
Sekvencování exomu - http://en.wikipedia.org/wiki/Exome_sequencing
technika small-angle neutron scattering (SANS) - Svazek neutronů je nasměrován na zkoumaný vzorek. Interakce neutronu s jádrem nějakého atomu ve vzorku tento neuron vychýlí o určitý malý úhel. Dle tohoto úhlu se dá zjistit s jakým atomem k interakci došlo. Takže pak lze výpočetně sestavit obraz zkoumaného vzorku na atomární úrovni a ještě na živo. A další super výhodou je, že interakce je pouze s jádry atomů a jádro je o hodně menší než atom celý, takže pro neutrony je vzorek velmi prostupný.
technika neutron spin-echo (NSE)
Magneticko rezonanční spektroskopie (MRSI) - je to vylepšená magnetická rezonance. Magnetická rezonance (MRI) je vyladěna pouze na dva relaxační časy T1 a T2, takže obrázek je černobílý. Zatímco MRSCI je barevná a může obsáhnout celé spektrum informací o buněčných aktivitách (metabolické informace).
SNP - jednonukleotidový plolymorfismus - jsou odchylky individuálních nukleotidů v sekvenci DNA. Mutace takových míst probíhají velmi pomalu. Tím jsou předurčeny k mapování historie člověka a sestavení jeho genetického stromu. Označení SNP markeru sestává z písmena a čísla. Písmeno představuje laboratoř nebo výzkumný tým, který daný marker objevil. Číslo je pak pořadí objevu v rámci příslušného týmu. (wikipedie)
TIRC7 - sedmi transmembránový receptor na aktivovaných lymfocytech - seven-transmembrane receptor on activated lymphocytes
HLA-DR jedná se o receptor na povrchu buněk MHC třídy II .... Představuji si ho jako takový držáček antigenu na antigen prezentujících buňkách. Tyto antigen prezentující buňky pomocí tohoto HLA-DR prezentují patogen T-buňkám. Zde má T-buňka na svém povrchu receptor jménem TIRC7, kterému je ten antigen takto prezentovaný. Takže pro antigen prezentující buňku je HLA-DR receptor a z pohledu TIRC7 se jedná o ligand.
anti-TIRC7 mAb - proti TIRC7 monoklonální protilátka.
Interferon regulační faktory - regulují transkripci interferonů
Obrázek kde se v signální cestě v buňce nachází IRF3:
![Obrázek](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/85/Toll-like_receptor_pathways_revised.jpg/500px-Toll-like_receptor_pathways_revised.jpg)
TLR4 - Toll-like receptor na povrchu buňky zachytí patogen a spustí se uvnitř buňky kaskáda událostí.
B7 - B7 je typ periferní membránové bílkoviny která se nachází na antigen prezentujících buňkách APC
http://en.wikipedia.org/wiki/B7_(protein)
Aktivace imunitního systému proti patogenům
Existuje několik kroků k aktivaci imunitního systému proti nějakému patogenu. Receptor na T-buňkách se musí nejprve dostat do styku s MHC povrchovou bílkovinou (fragment patogenu je prezentovaný na MHC na antigen prezentujících buňkách). Bílkoviny CD4 a CD8 na povrchu T-buněk formují komplex s bílkovinou CD3, který poté může rozpoznat MHC. To se také nazývá "signál 1" a jeho hlavním účelem je garantovat antigenovou specifitu aktivace T-buněk.
Nicméně MHC vázání samo o sobě není dostatečné pro vyvolání odezvy T-buněk. Spolustimulační signál k pokračování imunitní odezvy může přijít z inetrakcí B7-CD28 a CD40-CD40L Existují další aktivační signály, které hrají roli v odezvách imunity.....
Bílkovina B7 je přítomná na povrchu APC buněk a ta interaguje s receptorem CD28 na povrchu T-buněk. To je jeden zdroj "Signálu 2" (také cytokiny mohou přispívat k aktivaci T-buněk, to se nazývá "Signál 3") Tato interakce produkuje sérii downstream(směrem do buňky) signálů které podporují přežití a aktivaci cílových T-buněk.
DR - Dopaminergic Receptors - jsou to receptory GPCR které reagují na domapmin
DR D5 - podtyp dopaminergického receptoru
DR D5 mRNA - je to mRNA která řídí transkripci(vytváření) DR D5
GPCR - je to receptor na povrchu některých buněk, který přijme nějaký ligand z vnějšku buňky a spustí uvnitř buňky nějakou signální kaskádu - zde například tento receptor aktivuje dopamin z krevního oběhu a to uvnitř lymfocytu aktivuje nějaké biologické signály.
Integrin - je označení pro skupinu membránových receptorů, které se vážou na extracelulární matrix či na jiné buňky. Umožňují tím přilnutí buněk k podkladu (a tedy integritu tkání) a také migraci buněk v embryu či imunitním systému. Mimo to se účastní některých signalizačních kaskád, při nichž se navázání ligandu na integrin přenáší do nitra buňky jako signál, který reguluje např. fosforylaci proteinů, genovou expresi, růst a smrt buněk a podobně.
QPCR - technika kde se šroubovice DNA rozplete vyšší teplotou a nechá se reagovat v roztoku se sondami - synteticky vyrobenými krátkými úseky DNA na které jsou navázány fluorescenční látky a které na nějaké místo do DNA zapadnou nebo ne (můj laický popis)
excitoxicita - je to patologický proces ve kterém jsou nervové buňky poškozené nebo zabité nadměrnou stimulací neurotransmitery tak jako glutamát a podobné látky.
K tomu dochází, když receptory excitačního neurotransmiteru gulutamátu (glutamátové receptory), tak jako jsou receptory NMDA a AMPA, jsou přehnaně aktivované glutamatergickou bouří.
Excitotoxiny tak jako MNDA a kyselina kainická, které se vážou na tyto receptory a stejně tak patologicky velké množství glutamátu může způsobovat excitoxicitu tím, že umožní aby do buňky vstoupilo velké množství iontů vápníku (Ca2+)
Vstup vápníku (Ca2+) do těchto buněk aktivuje množství enzymů, včetně phospholipases, endonucleases, a proteází tak jako je calpain. Tyto enzymy začnou poškozovat buněčné struktury, tak jako jsou složky cytoskeletonu, membrány a DNA.
Angiogeneze - proces novotvorby krevních kapilár. Angiogeneze je nezbytnou součástí při procesech hojení ran. (například v zánětem poškozené mozkové tkáni u pacientů s RS).
CD3 - bílkovina na T-buňkách - tato bílkovina zprostředkovává aktivaci T-buněk
anti-CD3 - imunosupresivní látka, která potlačuje CD3 a tím i aktivaci T-buněk
Brzlík (latinsky: thymus) je hlavním orgánem pro diferenciaci a funkční dozrávání T-lymfocytů (T-buněk). To písmeno T vlastně znamená první písmeno z latinského názvu tohoto orgánu. Lymfocyty, které dospívají v T buňky v brzlíku, jsou často nazývané thymocyty. Ty se liší imunofenotypově od T lymfocytů specifickou kombinací povrchových proteinů
Thy28 - bílkovina exprimovaná na některých buňkách v těle, například na lymfocytech http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22139584